Après des études de droit et de journalisme, Jean-Xavier de Lestrade crée en 1987, avec deux amis issus du CFJ, une agence de presse audiovisuelle : Tribulations. Il y réalise alors ses premiers films pour les documentaires de Canal +.
En 1990, il quitte Tribulations et devient réalisateur indépendant. Il concentre alors son travail sur les thèmes qui le passionnent : la société et ses tabous. La violence sexuelle, la folie, la mort, l'exclusion, les dérapages de la mécanique judiciaire deviennent les personnages centraux de ses films.
Il réalise ainsi, en 1993, "Viols et Châtiments", qui raconte la dérive de trois agresseurs sexuels (un violeur et deux pédophiles dont l'un ira jusqu'au meurtre). Un film si dérangeant qu'il ne fût jamais diffusé. Il enchaîne ensuite, en 1994 et 1995, avec deux films (qui seront remarqués dans plusieurs festivals) sur les rapports de l'inceste et la justice. "La Cavale des Innocents", filme la fuite bouleversante d'une jeune mère et de son enfant à travers le pays. Le second, "L'Inceste face à la Justice", montre la fragilité de la parole des victimes confrontée à celle des agresseurs lorsqu'elles se retrouvent devant le juge.
C'est à cette époque qu'il rencontre Denis Poncet qui produira tous ses prochains films. En 1997, ils s'associent au sein de la société de Bertrand Tavernier et Frédéric Bourboulon, Little Bear, pour développer un département documentaire.
Un an plus tard, en 1998, il réalise "Une Australie Blanche et Pure", qui a obtenu le FIPA d'Or, révèle le premier génocide du XXème siècle dont furent victimes les Aborigènes d'Australie.
Après "Des enfants pleins d'Espoir" et "D'un Amour à l'Autre", Jean-Xavier de Lestrade quitte Little Bear et crée en 1999, avec Denis Poncet, Maha Productions.